In der Regel werden Stammzellen aus Nabelschnurblut fremden Personen transplantiert. In diesem Fall spricht man von einer allogenen Transplantation oder auch einer Fremdtransplantation. Eher selten sind autologe Transplantationen, bei denen die körpereigenen Stammzellen genutzt werden. Die Eigentransplantation wurde erstmals 1999 in Brasilien an einem Kind vorgenommen. Die Diagnose lautete Neuroblastom, eine Krebserkrankung, die in erster Linie bei Kindern festgestellt wird. Eines von 5.000 Kindern erkrankt daran. Neben dem Krebs wurde die Transplantation eigener Stammzellen auch schon bei frühkindlichen Hirnschäden und Knochenmarkversagen angewandt.
Die Schwierigkeit besteht bei Nabelschnurblut darin, dass nur sehr wenige Stammzellen gewonnen werden, die transplantiert werden können. Dadurch wird es sehr schwer, erwachsene Patienten zu behandeln. Nötig sind dazu bei Fremdtransplantation je Kilo Körpergewicht des zu Behandelnden zehn bis 30 Millionen kernhaltiger Zellen. Reicht die Menge nicht aus, hilft nur, wenn zwei Spender vorhanden sind. Das ändert nichts an der Bedeutung des Nabelschnurblutes. Es wird von Ärzten immer öfter genutzt und macht in den Vereinigten Staaten bereits 20 Prozent und in Japan 50 Prozent der Stammzellentransplantationen aus.